Problema muro-pilastro

Salve a tutti!
Sto cercando di realizzare i vuoti nei muri architettonici (modello architettonico) creati dai pilastri e muri strutturali (modello strutturale). Ho collegato i due modelli, copiato/incollato pilastri e muri strutturali, assegnato un materiale trasparente a questi in modo che non risultino visibili nel modello architettonico, e sto andando ora a unire le varie parti architettoniche con quelle strutturali.
Il problema è che per alcuni pilastri/muri strutturali mi si scombinano le stratigrafie del muro architettonico. posto 2 immagini, 1 prima e 1 dopo l'unione per farvi capire. ho provato a ovviare il problema creando dei vuoti da modello generico ma seguendo le linee dei pilastri mi genera lo stesso problema poi nel muro.
Vi è mai capitato questo tipo di problema? Come è possibile risolvere?

Se tutti le colonne sono strutturale, questo non dovrebbe accadere. Non ha senso che questo accade in un luogo ma non in altri.