Forse penso di aver capito, dalla prima immagine che hai postato la selezione che fai è corretta.
Selezioni il comando delete face e sul metodo di selezione clicchi su region faces; a questo punto clicchi sulla tua faccia seme e poi senza cliccare in altre parti selezioni subito le tue boundary faces.
Se però sbagli a non selezionare correttamente tutte le boundary faces è normale che il comando non funzioni o funzioni in modo inaspettato.
Ti allego un video che forse è più esplicativo, anche se è la versione 12 si dovrebbe capire lo stesso.