Per me è inutile duplicare file uguali (se uno cambia come fai ad essere certo che le eventuali copie siano aggiornate?).

Metti i file comuni (viterie ecc.) in una cartella di libreria che richiemerai con il search_path. Poi il resto dei file che caratterizzano una commessa in una cartella con il nome della commessa.

Se poi vuoi essere certo che Pro/E possa cercare in tutte le cartelle (e senza Intralink questo è comodo anche per controllare in fase di creazione di nuova parte/assieme/disegno che non ci siano nomi uguali) devi utilizzare la voce search_path_file dove punti ad un file di testo con dentro i vari path.
Se poi ti fai un bath riesci ad aggiornare il file in maniera automatica.

Forse sono cose che sai già e ti serve altro ma, per esperienza in un'azienda che lavorava in questa maniera, è la cosa più semplice.

Ciao